Δύο μόλις χρόνια αργότερα τα Επτάνησα περνούν στα χέρια των Ρωσοτούρκων οι οποίοι με τη σειρά τους μένουν μόνο για ένα χρόνο.
Το 1800 η Ρωσία και η Τουρκία υπέγραψαν τη…συνθήκη σύμφωνα με την οποία αναγνώριζαν τα νησιά του Ιονίου ως αυτόνομο κράτος.
Τότε στα 1800 ιδρύεται η Ιόνιος Πολιτεία. Η Κέρκυρα μαζί με τα υπόλοιπα νησιά του Ιονίου σχηματίζει αυτόνομη πολιτεία με δική της σημαία και βουλή (Ιόνιος Βουλή).
Ηταν η πρώτη φορά που ο ελληνικός λαός κέρδισε το δικαίωμα να κυβερνάται από μόνος του, μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης το 1453. Στα 7 χρόνια που διήρκησε η οικονομική και η κοινωνική ζωή των Κερκυραίων βελτιώθηκε εντυπωσιακά. Τότε ιδρύθηκε και η πρώτη Ιόνιος Ακαδημία.
Ομως με το ξέσπασμα του ρωσοτουρκικού πολέμου η Ιόνιος Πολιτεία τάσεται με το πλευρό των Ρώσσων οι οποίοι τελικά θα ηττηθούν, έτσι τα Επτάνησα πέρασαν και πάλι στην κατοχή των Γάλλων για οχτώ χρόνια, στην διάρκεια των οποίων χτίστηκε και το Λιστόν σε πιστή αντιγραφή της οδού Ριβολί του Παρισιού.
Στα 1815 με την ίδρυση του Ενωμένου Κράτους των Ιονίων Νήσων η Κέρκυρα παραμένει για 49 χρόνια υπό Αγγλική προστασία. Στα χρόνια αυτά η ανάπτυξη δε σταματάει. Οι Αγγλοι έκτισαν το ναό του Αγίου Γεωργίου και τους στρατώνες στο Παλαιό Φρούριο καθώς και το κτίριο του Προνοητή (που σήμερα δεν σώζεται) Επίσης στην Παλιά πόλη την Επαυλη του Προνοητή.
Ολα αυτά τα χρόνια γίνονται πολλές προσπάθειες από τους Επτανήσιους για ανεξαρτητοποίηση των νησιών και ένωση τους με την υπόλοιπη (απελευθερωμένη από το 1827) Ελλάδα. Τελικά το 1863 υπογράφτηκε στο Λονδίνο συνθήκη των μεγάλων δυνάμεων σύμφωνα με την οποία η Αγγλία παραιτείται από την προστασία των Ιόνιων νήσων.
Στις 21 Μαΐου του 1864 τα Επτάνησα εντάσσονται επισήμως στην Ελλάδα και στο Κάστρο της Κέρκυρας υψώνεται η Ελληνική σημαία.Το τότε ελληνικό κράτος με την μηδαμινή εμπειρία και υποδομή προσπαθεί να πάρει όσο το δυνατόν περισσότερα από τα Ιόνια νησιά με την πλούσια παράδοση, ιστορία, εμπειρία και πολιτισμό. Η απόφαση όμως να καταργηθεί η Ιόνιος Ακαδημία προκάλεσε ερωτηματικά. Χαρακτηριστικό απόσπασμα από το βιβλίο του ιστορικού Μ. Λυκίσσα με τίτλο “Ιστορία Ιονίου Ακαδημίας.
Η Ιόνιος Ακαδημία παρά τις δυσκολίες στην πραγμάτωση των σκοπών της (θάνατος του Γκίλφορντ, εχθρότητα του Μαιτλαντ, δολοφονία του Καποδίστρια, πολεμικές επιχειρήσεις στην Ελλάδα κ.α.) δεν σταμάτησε επί 40 και πλέον χρόνια την βοήθεια της στην ανάπτυξη του λαού μας και του Ελληνικού κράτους στα πρώτα του χρόνια.
Η κατάργηση της Ακαδημίας απετέλεσε διεθνή πρωτοτυπία στο πεδίο της οπισθοδρόμησης και εθνικής ντροπής. Την ίδια εποχή ενώθηκαν Ιταλικά και Γερμανικά κράτη αλλά κανενός δεν καταργήθηκε το πανεπιστήμιο. Μόνο η Ελλάδα έδειξε ηροστράτειο μανία κατά της Ιονίου Ακαδημίας, αφού φρόντισε πρώτα να προσελκύσει με δόλο τους φοιτητές στην Αθήνα εγγράφοντας τους χωρίς εξετάσεις και διορίζοντας τους κατά προτίμησιν στις δημόσιες θέσεις. Το θεωρούσε φυσικό. Κι έμεινε η Ιόνιος Ακαδημία με 60-70 φοιτητές.
Η ευημερία ενός λαού είναι συνάρτηση της προβλεπτικότητας των ηγετών του. Το Ελληνικό κράτος όμως τότε εμαστίζετο απο πενία, ληστεία, ευνοϊοκρατία και φρόντισε να εξασφαλίσει απο το προοδευτικό Ιόνιο κράτος οικονομικά οφέλη. Ο νόμος που καταργούσε την Ιόνιο Ακαδημία καθώς και τις άλλες σχολές της Επτανήσου, χτυπούσε την αχίλλειο πτέρνα της Εθνικής μας υποστάσεως. Έσβηνε ελληνικά φώτα που τα σεβάστηκαν οι ξένοι και ονομάστηκε περίτεχνε Νόμος “περί διοργανώσεως της εκπαιδεύσεως κατά την Επτάνησο”. Είναι ο νόμος ΡΗ του 1865 (ένα χρόνο μετά την ένωση) που πρέπει να τον ξέρουν και να τον θυμούνται οι νεώτεροι Έλληνες ως Νόμο σκοταδισμού.
Για το λόγου το αληθές ένα από τα άρθρα του νόμου
“Γεώργιος Α’ Βασιλεύς των Ελλήνων. Ψηφισάμενοι ομοφώνως μετά της βουλής απεφασίσαμεν και διατάσσομεν:
Περί οργανώσεως της εκπαιδεύσεως κατά την επτάνησον.
Αρθρον 1 – Καταργούνται α) Το αρχοντείον της Παιδείας εν Επτανήσω. β) η Ιόνιος Ακαδημία. γ) το εν Κερκύρα Ιεροσπουδαστήριον, δ) το εν Κερκύρα Γυμνάσιον, ε) τα Λύκεια Κερκύρας, Παξών, Λευκάδος, Ιθάκης, Κεφαλληνίας, Ζακύνθου και Κυθήρων
Η προσφορά των Επτανήσων όμως δεν σταματά εδώ. Σύμφωνα με τον Φ.Κ Βώρο (Δρ. Φιλοσοφίας, επίτ. Σύμβουλος Παιδαγ. Ινστιτούτου).
Τούτο είναι βέβαιο:
Α. Η ενσωμάτωση της Επτανήσου με την άλλη Ελλάδα το 1864, αποτέλεσε την πρώτη ικανοποίηση, έστω φαινομενικά, της πολιτικής της Μεγάλης Ιδέας.
Β. Οι Επτανήσιοι έφεραν στην Κοινοβουλευτική ζωή της Ελλάδας την εμπειρία τους από αγώνες πολιτικούς, εθνικούς, κοινωνικούς. Δεν είναι τυχαίο ότι τα πρώτα βήματα του Κοινωνισμού (σοσιαλισμού) στην Ελλάδα συνδέονται με ονόματα Επτανησίων, όπως: του Π. Πανά, του Ρόκου Χοϊδά, του Δρακούλη, του Μαρίνου Αντύπα.
Γ. Έφεραν μαζί τους στην ελλαδική κοινωνία μια πνευματική παράδοση, που εκφράζεται με ονόματα όπως ο Σπ. Ζαμπέλιος, ο Πέτρος Βράιλας Αρμένης, ο Παύλος Καλλιγάς και άλλοι.
Δ. Έφεραν επίσης μια λαμπρή και επιβλητική ποιητική κληρονομιά (με κορυφαίο όνομα το Σολωμό) και ώριμο το αίτημα για αναγνώριση της δημοτικής γλώσσας ως μέσου σκέψης και έκφρασης των Νεοελλήνων. Δεν είναι τυχαίο ότι για πρώτη φορά σε ακαδημαϊκή εκδήλωση στον ελλαδικό χώρο έγινε επίσημα δεκτή από πανεπιστημιακές αρχές η επιλογή του Αρ. Βαλαωρίτη, ο οποίος είχε δηλώσει ότι δέχεται να είναι ομιλητής στα Προπύλαια του Πανεπιστημίου μόνο με γλωσσική έκφραση δημοτική.”